生態(tài)工程措施包括環(huán)境生態(tài)工程及物理生態(tài)工程。
環(huán)境生態(tài)工程
如構(gòu)建湖濱沿岸帶人工濕地、人工復(fù)合生態(tài)系統(tǒng)等。人工濕地是通過物理、生物等協(xié)同作用以達到對污水的凈化。構(gòu)建湖濱沿岸帶濕地選取的植物主要是蘆葦、菖蒲、茭草、水芹等。濕地的類型有表面流濕地、潛流型濕地、垂直流濕地及復(fù)合垂直流濕地（上行流、下行流復(fù)合）。構(gòu)建湖濱沿岸帶濕地主要是凈化外源污染中的面源污染，人工濕地在國內(nèi)外有廣泛的應(yīng)用，但對內(nèi)源污染難以有效，而即使減輕了外在負荷，湖泊和水庫沉積物中氮和磷的內(nèi)部再循環(huán)仍能使富營養(yǎng)化條件持續(xù)相當長的時期，因此只能作為控制湖泊藻類水華暴發(fā)，恢復(fù)生態(tài)的輔助措施，對富營養(yǎng)化程度不高的小型湖泊及一些小型娛樂水體可作為單獨采取的措施，因這些水體主要在于防止其富營養(yǎng)化，或者作為小規(guī)模污水處理的措施，對于大型水體難以采用，因為大型水體周邊一般難以找到足夠的空地建造這樣的濕地。
物理生態(tài)工程
是通過管理、物理措施和移植生物種群等措施，提高廣闊自然水體對太陽能的利用率，提高水體自然凈化能力，并盡可能將水中污染物資源化并加以利用，形成生物環(huán)保產(chǎn)業(yè)。物理生態(tài)工程最大的障礙是要求水體本身具有相當大的透明度。
